Direktori HPFS menyimpan data lebih lengkap dibandingkan FAT dan kapasitas pemakaiannya lebih besar. HPFS memungkinkan pemakai untuk memperluas cara memeri nama, organisasi, dan demi keamanan file sistem untuk menjawab kebutuhan LAN server. Pada FAT, isi direktori menunjuk pada cluster pertama pada sebuah file pada HPFS, isi direktori menunjuk pada sebuah struktur yang disebut fnode. Fnode bisa berisi data file atau menunjuk pada struktur lain yang pada akhirnya menunjuk pada data file tersebut. Sistem FAT mengatur disk menjadi partisi dan logical drive. HPFS mengatur disk berdasarkan volume. Ketika sebuah disk diformat dengan file sistem HPFS, 17 sector pertama dialokasikan untuk blok boot, blok super, dan blok cadangan. Hpfs juga mengalokasikan sepasang 2 KB bitmap pada setiap 16 MB, setiap 8 MB tempat untuk data disebut 1 band bit bitmap ini menunjukan apakah sector di band yang berhubungan telah dipakai

Ketika HPFS menulis file baru, HPFS akan memberikan jarak antar file yang lama dengan file yang baru sehingga memungkinkan penambahan isi setiap file,dan file tersebut tetap menyambung. Dengan menggunakan band tersebutm waktu yang diperlukan untuk mencatatat perubahan file dalam hard disk menjadi berkurang dibandingkan waktu yang dibutuhkan oleh FAT.
FAT mengatur data dalam bentuk list yang linier HPFS menggunakan struktur Btree (balance tree). Kecepatan akses data yang disusun dengan Btree jauh lebih baik dibandingkan dengan list linier. Pada struktur Btree kemungkinan fragmantasi pada harddisk semakin kecil, sehingga tidak perlu sering menggunakan defragmentasi.
Untuk mempercepat operasi diHPFS, ada dua metode tambahan yang dipakai, yaitu disk caching dan penulisan malas (lazy writing). Ketika sebuah program menulis suatu informasi ke harddisk, sering kali disimpan untuk sementara di cache yang berada di memori. Itulah metode disk caching. Bberapa saat kemudian, ketika disk sedang tidak melakukan kegiatan apa-apa, HPS menulis informasi ini ke dalam disk sebagai prosesdi latar belakang. Metode ini disebut penulisan malas